中心机关属市政府直属事业单位，参照公务员法管理，正局级建制。主要职责是负责对政府各部门行政审批和服务事项集中办理的组织协调、监督管理和指导服务，对进驻窗口工作人员进行管理培训和日常考核。中心机关编制32人，其中参公编制22名、事业编制10名、局级领导4名。内设秘书处、综合协调处、督查处、信息处，下设市重点项目审批代办服务中心；按照《党章》规定，设立了机关党委，市纪委（监察局）派驻了电子监察室。
进驻部门窗口由各进驻部门选派首席代表和工作人员组成，负责为企业和群众办理纳入市政务服务中心的行政审批和服务事项。目前，共进驻单位31个，其中市政府组成部门15个、直属行政机构6个、垂直管理机构4个、其它单位6个；进驻人员207人，其中首席代表31名、处级干部55名；进驻事项200个，其中行政许可事项134个、非行政许可审批事项27个、公共服务事项39个，主要涉及建设项目审批类、企业设立登记类、便民服务类等方面。
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